Şikayetleri, yapılan tüm tetkikleri, daha önceki hastalıkları, kullandığı ilaçlar, geçirdiği ameliyatlar dikkatli bir şekilde sorgulanır. Hastaya kolonoskopi işlemi hekim tarafından ayrıntılı olarak anlatılır. Hastalara gerekli ilaçları damardan verebilmek için damar yolu açılır. Hastanın yaşamsal bulguları (kalp atım sayısı, kan oksijen düzeyi) monitörize edilir. Bu hazırlıklar yapıldıktan sonra hastaya pozisyon verilerek sedasyon sağlayan ilaçlar yapılır. Damar yolundan verilen bu ilaç (Midazolam ve/veya Pethidine HCl) kolonoskopi işlemi sırasında hastanın daha az ağrı hissetmesi ve/veya ağrısız uygulama için kullanılır. Bağırsak gevşemesi için de ilaç (buscopan) kullanılabilir. Verilen ilaçların etkisi ile hasta uyku haline geçer. Çok zorunlu olmadıkça tam bir anestezi (UYUTMA) uygulanmaz. İdeal olanı hastalık belirtileri yokken kolonoskopik inceleme yaptırmaktır. Böylece hastalıklar oluşmadan veya oluşmuşsa erken evrede tanı konulması ve daha kalıcı tedavi uygulanması mümkündür.

• Makattan kanaması olan veya dışkısında gizli kan saptananlarda,
• Birinci dereceden akrabalarında kalın bağırsak kanseri olan kişilerde,
• Bağırsak kanseri veya polip öyküsü olanlarda,
• Bağırsak filmlerinde şüpheli görünüm mevcut olanlarda,
• Ailesinde rahim kanseri, yumurtalık kanseri ve meme kanseri olanlarda,
• Geçmeyen ishali olanlarda ishal nedenini araştırmada,
• İnflamatuar bağırsak hastalığı (ülseratif kolit, crohn hastalığı) olanlarda,
• Nedeni açıklanamayan kilo kaybında,
• Yaygın kanseri olanlarda ana odağın bulunmasında Tedavi ile geçmeyen ve nedeni bulunamayan karın ağrısı olanlarda uygulanır.